Главная цель Конгресса состоит в том, чтобы представить и обсудить результаты наиболее актуальных, современных и инновационных исследований российских орнитологов. Тем самым будет дан новый серьёзный импульс развитию орнитологических исследований в Российской Федерации.

Кроме того, будет уделено внимание практическим природоохранным проектам, работе над Красной книгой РФ, мерам по сохранению биоразнообразия, спасению редких и исчезающих видов, сохранению биологических ресурсов РФ, освоению Арктики, привлечению внимания общественности к экологическим проблемам и сохранению природного достояния России.

Конгресс будет одним из мероприятий, проведенных в рамках Десятилетия науки и технологий в России.